Lille Egede Friskole har en velfungerende skolebestyrelse som mødes ca. én gang om måneden. Desuden er der under bestyrelsen et skiftende antal arbejdsgrupper, som arbejder med oplæg til bestyrelsen f.eks. vedrørende fondsansøgninger, byggeri og vedligehold o.a.

Bestyrelsen er skolens øverste myndighed og skal forestå gennemførelsen af de overordnede beslutninger. Bestyrelsen består af syv medlemmer, hvoraf tre vælges af og blandt forældrekredsen, og fire vælges af og blandt skolekredsen. Medlemmerne vælges for to år ad gangen på skolens generalforsamling i foråret. Derudover vælges to suppleanter for et år ad gangen.

Ved skolebestyrelsens møder deltager de 7 medlemmer, samt de 2 suppleanter. skolens medarbejder er repræsenteret ved ledelsen, samt 3 medarbejdere fra forskellige afdelinger.