Lille Egede Friskole har en velfungerende skolebestyrelse som mødes ca. én gang om måneden. Desuden er der under bestyrelsen et skiftende antal arbejdsgrupper, som arbejder med oplæg til bestyrelsen f.eks. vedrørende fondsansøgninger, byggeri og vedligehold o.a.

Bestyrelsen er skolens øverste myndighed og skal forestå gennemførelsen af de overordnede beslutninger. Bestyrelsen består af 7 medlemmer, hvoraf mindst 4 skal være forældre til børn på skolen. Bestyrelsen skal sammensættes af 2 medlemmer valgt af og blandt forældrene i forældrekredsen, mens 5 vælges af og blandt alle medlemmer i skolekredsen. Skolen har altså 2 vælgende organer, idet forældrekredsen vælger bestyrelsesmedlemmer og suppleanter på et særligt møde, der afholdes i forbindelse med generalforsamlingen

Ved skolebestyrelsens møder deltager de 7 medlemmer, samt de 2 suppleanter. skolens medarbejder er repræsenteret ved ledelsen, samt 3 medarbejdere fra forskellige afdelinger.